Ngày 20.12.1987, lúc 06 giờ 30, giờ tiêu chuẩn Philippines, tàu Doña Paz khởi hành từ thành phố Tacloban, đảo Leyte để tới Manila thủ đô Philippines,[7][8] với trạm dừng ở thành phố Catbalogan, đảo Samar.[6] Theo lịch trình thì tàu sẽ tới Manila lúc 04 giời sáng hôm sau, và nghe nói rằng cú liên lạc vô tuyến chót của tàu là vào khoảng lúc 20 giờ.[8] Tuy nhiên, các báo cáo sau đó cho biết là tàu Doña Paz không có máy vô tuyến.[9][10] Vào khoảng 22 giờ 30 tối, tàu này ở vị trí Dumali Point, dọc theo Eo biển Tablas, gần Marinduque.[8] Một người sống sót sau này kể rằng thời tiết trên biển đêm đó sáng sủa nhưng có sóng vỗ.[6] Trong khi đa số các hành khách còn đang ngủ thì tàu Doña Paz đụng phải "tàu chở dầu Vector", một tàu bồn chở dầu tuyến đường từ Bataan tới Masbate. Tàu "Vector" lúc đó chở 8.800 thùng dầu cùng các sản phẩm dầu lửa khác do hãng Caltex Philippines sở hữu.[7]

Khi va chạm, hàng dầu chở trên tàu "Vector" bốc cháy gây ra một trận hỏa hoạn lan sang tàu "Dona Paz". Các người sống sót nhớ lại họ cảm thấy sự đổ vỡ và một tiếng nổ, khiến những người trên tàu hoảng loạn.[8] Một trong những người đó, Paquito Osabel, thuật lại rằng các ngọn lửa lan nhanh khắp tàu, và cả trên mặt biển quanh tàu.[6][8] Một người sống sót khác cho biết là ánh đèn trên tàu bị tắt ngấm, rằng trên tàu Doña Paz không có áo phao cứu đắm, và không ai trong số thủy thủ đoàn ra một lệnh nào.[6] Sau này nghe nói là các tủ chứa áo phao cứu đắm bị khóa lại.[11] Các người sống sót đã bị buộc phải nhảy xuống biển và bơi giữa các thi thể cháy đen.[12] Tàu Doña Paz đã chìm trong khoảng 2 giờ sau khi va chạm, còn tàu chở dầu Vector thì chìm trong vòng 4 giờ.[11] Cả hai tàu đều chìm ở độ sâu khoảng 545 mét ở eo biển Tablas lúc nhúc cá mập.[13]

Theo như tường trình thì 8 giờ sau các giới chức hàng hải Philippines mới biết tin tai nạn này và phải mất thêm 8 giờ nữa mới tổ chức được các hoạt động tìm kiếm, cấp cứu.[11]